Trois thèses coexistent pour expliquer ce crime: la version officielle algérienne d’un acte imputable au Groupe islamique armé (GIA), celle d’une bavure de l’armée algérienne ou celle d’une manipulation des services militaires algériens pour discréditer le GIA ou se débarrasser des moines, enlevés dans leur monastère dans la nuit du 26 au 27 mars 1996, en pleine guerre civile.
"L’hypothèse d’un décès entre le 25 et le 27 avril 1996, tel qu’il est évoqué dans une pièce de procédure, apparaît vraisemblable", selon les conclusions de cette expertise. Les résultats des examens des têtes des sept moines plaident en outre "en faveur d’une décapitation post mortem", pouvant accréditer la thèse d’une manipulation pour masquer les véritables causes de la mort.