Sur son compte Twitter, il raconte être entré dans la ville par la Jordanie puis la Cisjordanie, non par la partie israélienne. Et il dit avoir prié à la mosquée Al-Aqsa, l’un des lieux saints de l’islam, dans la vieille ville. Il précise cependant que sa visite n’avait rien d’officiel et son porte-parole a déclaré qu’elle ne constituait pas une "quelconque reconnaissance de l’Etat sioniste".
Ali Gomaa s’est ainsi attiré les foudres des islamistes radicaux, hostiles à toute initiative susceptible de reconnaître le contrôle d’Israël sur la ville. En Egypte, des dirigeants du mouvement salafiste – ultraconservateur – ont eux aussi critiqué la visite du grand mufti, allant même jusqu’à réclamer son limogeage