Remportant avec 13,2 millions des voix, (soit environ 51,7%) cette élection présidentielle, la première à se tenir sous l’ère de la révolution, Morsi se proclame comme le défenseur des objectifs de la révolution.
Ingénieur de formation et professeur d’université et président du Parti Liberté et Justice (PLJ), bras politique des Frères musulmans, Morsi doit sa popularité à son parcours loin de la sphère des hommes d’affaires, un métier honni de par sa fusion avec le pouvoir sous l’ère du président déchu Hosni Moubarak, dont les symboles de son régime sont jugés pour corruption, enrichissement illégal ou dilapidation de deniers publics.
Né en 1951, Morsi a été un cadre de poids lourd au sein de la confrérie, même s’il était une figure inconnue pour le public. Il s’occupait de la formation politique et du choix des candidats aux législatives dans une partie de la région du Delta et du Canal de Suez pour les législatives de 2000, ce qui lui a valu le poste de porte-parole du bloc au Parlement, puis membre du bureau politique, la plus haute autorité du mouvement.
Il a vécu 9 ans aux Etats-Unis où il a fait ses études et travaillé aussi. Son nom devient plus familier aux médias lors des législatives de 2010, car il était chargé de la campagne électorale de la confrérie.
Lors de la révolution, il a été le négociateur de la confrérie avec Omar Soleimane, chef des services de renseignement. Une fois à la tête du nouveau parti des Frères, il tente d’envoyer des signaux rassurants aux adversaires de la Confrérie, et promet de collaborer avec les autres forces pour la rédaction de la Constitution.
Pris par le triomphalisme qui a gagné la confrérie après la révolution, il a défendu farouchement la composition de l’Assemblée constituante, dominée par les islamistes et contestée par beaucoup de personnalités. Il a donné officiellement le coup d’envoi de sa campagne aux côtés de Chater sous le slogan "L’islam est la solution" en se considérant l’unique candidat "islamiste" pour courtiser l’électorat islamiste, surtout les salafistes.
Réélu au Parlement en 2005, il est emprisonné peu après pendant sept mois pour avoir participé à une manifestation de soutien à des magistrats réformistes, ayant dévoilé les fraudes en faveur du PND aux législatives.
Lors de sa campagne, Morsi a promis d’"être le président de tous les Egyptiens" et pas celui de la confrérie, et le guide suprême, pour lui, sera un "citoyen comme un autre". Il a insisté aussi sur le concept-clé de son programme électoral qui est celui d’"Al-Nahda" (la renaissance), qui puise dans le Coran pour trouver les solutions aux problèmes contemporains. Il assure également accepter de désigner un vice-président et des ministres qui ne seront pas forcément issus de la confrérie et représenteraient le mouvement révolutionnaire.
Malgré cette victoire, les islamistes craignent que le futur président, quel qu’il soit, dispose d’une marge de manoeuvre très réduite face à l’armée qui a publié une Déclaration constitutionnelle complémentaire peu après la fermeture des bureaux de vote.