En général, il existe un "gentleman agreement" entre l’homme et les bactéries qui vivent avec lui. Elles sont d’ailleurs plus nombreuses dans notre organisme que nos propres cellules ! Certaines bactéries intestinales sont indispensables à notre survie, ou à notre protection contre des envahisseurs extérieurs, comme d’autres bactéries très pathogènes, sous réserve que notre flore ne soit pas altérée par les antibiotiques. L’homme est ainsi une grenade bactériologique, mais bien goupillée.
Après un période très brève ou les antibiotiques, soit naturels, soit synthétiques, ont été à la fois très nombreux, très actifs, et donc très largement utilisés, nous assistons depuis quelques années à la fois à une augmentation régulière de la résistance des bactéries à ces médicaments, et à une raréfaction inquiétante des nouveaux antibiotiques découverts, et mis à la disposition des médecins. Les antibiotiques font sans aucun doute partie des médicaments qui ont sauvé le plus de vies humaines. Nous en avons un besoin croissant, car le nombre de patients à haut risque d’infection, en raison de leur âge, de la présence de maladies chroniques, ou de la prise de médicaments qui réduisent l’immunité est en constante augmentation. Des souches de bactéries extrêmement résistantes ont été récemment décrites chez des patients anglais ayant bénéficié de traitements médicaux en Inde, et cet événement a été largement médiatisé (Lancet Infectious Diseases, août 2010), mais de telles souches existent dans de nombreux pays, y compris européens, depuis plusieurs années. Les simples touristes, non médicaux, peuvent ramener ces microbes hyper-résistants dans leur tube digestif, sans aucun symptôme, ou avec une banale diarrhée. Si ces personnes développent ultérieurement une infection (on ne le leur souhaite pas, bien sûr !), celle-ci pourra être liée à ces bactéries très résistantes. Le péril n’est pas lointain, irréel ou exotique, il est très proche, et imminent !
La capacité de résister aux antibiotiques est un phénomène tout à fait normal, et naturel, chez les bactéries. Tout comme chez l’homme, il existe toujours, dans une population, une très petite proportion d’individus très résistants. Les antibiotiques ont une très fâcheuse tendance à sélectionner ces individus résistants, après élimination rapide des individus sensibles. C’est un phénomène inévitable. Il survient en particulier dans notre propre flore digestive, à bas bruits, sans aucun symptôme. Les animaux d’élevage, ou de compagnie, de même que notre environnement, sont également impliqués. Le niveau de résistance aux antibiotiques est ainsi directement lié à notre comportement face à ce type de médicament, et à la quantité d’antibiotiques consommés.
Les Français, malgré quelques progrès récents ("Les antibiotiques, c’est pas automatique"), restent de très gros consommateurs, par rapport à certains pays européens. Surtout, les français consomment des antibiotiques pour des infections presque toujours virales (angines, bronchites, otites…) pour lesquelles ces produits n’ont aucun effet… à part sélectionner des bactéries résistantes dans notre intestin, et ainsi augmenter cette pression de sélection globale. En période de pléthore de médicaments, un tel comportement serait de la "non qualité". En période de grave raréfaction des antibiotiques, comme actuellement, c’est… un crime contre l’humanité.