La PUCP, fondée à Lima en 1917, est l’une des principales universités privées d’Amérique latine. Elle est considérée comme proche des thèses progressistes. Gustavo Gutierrez, le fondateur de la théologie de la libération, y a enseigné pendant plusieurs années.
Le Vatican a déclaré que la rupture intervient après que l’université a modifié à plusieurs reprises ses statuts de façon unilatérale, et a "gravement porté préjudice aux intérêts de l’Eglise", sans donner plus de précisions. Des désaccords ont opposé Marcial Rubio, recteur de l’université, et Juan Luis Cipriani Thorne, archevêque de Lima, sur la gestion de l’établissement.