Les bavarois ont pris le dessus en première période grâce à Leon Goretzka (22e) et Serge Gnabry (35e) sur des passes décisives de Thomas Muller.
Robert Lewandowski a aggravé le score parvenant à signer son 268e but en carrière dans le championnat allemand.
Les locaux ont réduit le score sur un but de Niclas Fullkrug qui a profité d’un alignement approximatif de la défense bavaroise pour tromper Manuel Neuer (86e). Un but qui n’a pas empêché le Bayern de s’imposer pour consolider sa place de leader, avec provisoirement cinq unités d’avance sur son premier poursuivant, le RB Leipzig. Quant au vaincu du jour, le Werder Brême stagne en milieu de classement (12e), à neuf unités du Borussia Dortmund (6e).